Фамилия Вардакова — женская форма, а мужская, Вардаков, образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов. Основа здесь — прозвище или нецерковное имя Вардак. Сразу обращает на себя внимание, что корень не типично славянский: в русских говорах слово «вардак» не зафиксировано как общеупотребительное, а вот в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) встречается имя Вардак или Вардан, восходящее к арабскому «вард» — роза, цветок. В таком случае фамилия указывает на тюркские или мусульманские корни предка, носившего имя Вардак, которое при крещении или адаптации в русской среде превратилось в прозвище.

Однако есть и другая, более прозаичная версия. В русских диалектах, особенно на юге и в Поволжье, «вардак» могли называть неуклюжего, нерасторопного человека или, наоборот, того, кто «вардачит» — шумит, суетится, делает что-то невпопад. Это значение встречается в словаре Даля, где «вардак» — это «крикун, горлопан, беспокойный человек». Тогда фамилия Вардаков — чисто русская, от прозвища, данного за характер. Если бы основа была от ремесла, мы бы ждали суффикса -ник или -щик, но здесь просто -ак, типичный для прозвищ (ср. Гуляк, Кричак, Бодяк).

География фамилии подсказывает, что версия с тюркским именем правдоподобнее. Вардаковы чаще всего встречаются в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области — в зоне давнего русско-тюркского контакта. В центральных русских губерниях фамилия редка. Это не единичный случай: фамилии вроде Вардаков, Булатов, Аксаков стоят в одном ряду — они пришли из тюркской ономастики, а позже обрусели. Суффикс -ов, а не -ин, тоже показателен: если бы прозвище было Вардака (с окончанием -а), фамилия стала бы Вардакин, но её нет, значит, исходная форма была мужского рода на согласный — Вардак.

Спор между «тюркским именем» и «русским прозвищем» решается в пользу первого по двум причинам: во-первых, слово «вардак» в значении «крикун» — редкое, локальное, а во-вторых, ареал фамилии совпадает с зоной распространения тюркских личных имён. Так что предок Вардаковых, скорее всего, был человеком нерусского происхождения, которого в документах записали по имени Вардак, а его потомки уже обрусели и стали носить фамилию как свою.