Фамилия Вархотов — редкая и неочевидная с первого взгляда. Ее основа, «Вархот», не встречается ни в крестильных святцах, ни в списке распространенных древнерусских прозвищ. Самое вероятное объяснение лежит в области диалектной лексики, а точнее — в севернорусских говорах.

Слово «вархота» или «вархот» в архангельских и вологодских диалектах означало шероховатость, неровность, задир на дереве или на коже. «Доска с вархотой» — значит неструганая, с занозами. В переносном смысле так могли назвать неуживчивого, грубого человека, «шершавого» в общении, или же, наоборот, мастера, который работал с таким материалом — например, плотника или кожевника, имевшего дело с невыделанным сырьем. Прозвище Вархот закреплялось за конкретным человеком, а его потомки уже становились Вархотовыми.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей сын?» — Вархотов, то есть сын Вархота. Фамилия могла возникнуть как в крестьянской среде Русского Севера, так и среди посадских людей, где прозвища из бытовой речи были обычным делом.

Менее убедительная, но допустимая версия связывает фамилию с тюркским или финно-угорским субстратом. В некоторых тюркских языках есть корень «вар» в значении «есть, имеется», но образование «вархот» для русского уха выглядит искусственным. Скорее всего, перед нами именно диалектное русское слово, которое почти исчезло из живого языка, но сохранилось в фамилии.

Географически Вархотовы тяготеют к северным и центральным областям России. Встретить их можно в Архангельской, Вологодской, Кировской областях, реже — в Москве и Подмосковье. Фамилия не была дворянской и не попала в родословные книги: ее носители — потомки крестьян, ремесленников или мелких служилых людей, чья история не записана в гербовниках, но хранится в метрических книгах и ревизских сказках.