Фамилия Вархотова — редкий случай, где географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии. В основе лежит не имя и не ремесло, а топоним: деревня Вархотово в бывшем Пошехонском уезде Ярославской губернии. Сейчас это территория Первомайского района Ярославской области, и если поискать носителей фамилии, большинство найдётся именно там или в соседних регионах — Вологодчине, Костромской области. Фамилия образована по стандартной модели «название села + суффикс -ов»: житель Вархотова получал прозвище Вархот, его потомки становились Вархотовыми, а для замужней женщины — Вархотова.

Сам корень «вархот» тёмный и неочевидный. Скорее всего, это вариант древнего прозвищного имени Варга, которое в северных говорах означало «ротозей», «разиня» или просто «крикун». Суффикс -от(а) в русских прозвищах типичен для характеристики человека по действию или свойству (ср. зевота, ломота, дыбота — «непоседа»). То есть Вархота — «тот, кто постоянно варгает», то есть шумит, кричит, возможно, бранится. Альтернативная версия связывает основу с диалектным «варганить» — делать что-то наспех, кое-как, но она слабее: глагол появился позже, а прозвище должно быть старше.

Интересная деталь: фамилия сохранила ударение на втором слоге — Вархо́това, что типично для ярославских говоров и косвенно подтверждает именно топонимическое происхождение. Если бы корень был личным именем, ударение чаще смещалось бы на первый слог. Сословно Вархотовы — почти наверняка крестьяне, государственные или помещичьи, никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В дореволюционных метрических книгах Пошехонского уезда фамилия встречается с конца XVIII века, и её носители плотно сидели на земле в окрестностях Вархотова.

Из однокоренных фамилий — Варганов, Варгин, Варнаков — Вархотова стоит особняком именно из-за топонимической привязки. Если у вас эта фамилия, скорее всего, ваши предки — ярославские крестьяне, и их родовая деревня до сих пор существует на карте.