Фамилия Варпунов звучит редко и необычно, и у нее есть все шансы оказаться не русской, а искусственно переделанной. Самая вероятная версия — что это русифицированная форма финской или карельской фамилии Варпунен. В XIX — начале XX века многие выходцы из Финляндии, Карелии и Прибалтики, переселяясь в центральные губернии России, получали в документах фамилии с русскими суффиксами -ов и -ев. Так Варпунен превращался в Варпунова. Основа фамилии — финское слово varpu, что значит «ветка», «прут», «хворост». В финских фамилиях такие «растительные» корни встречаются часто, и Варпунен мог означать человека, жившего в кустарниковой местности или занимавшегося плетением из прутьев.

Есть и другая возможность, хотя она менее вероятна. В русских говорах слово «варпа» или «варпуха» могло обозначать нечто связанное с варкой, кипением (сравните с «вар»). Однако это не задокументировано как устойчивое прозвище. Если предположить чисто русское происхождение, то фамилия могла возникнуть от прозвища Варпун — человека, который «варит», то есть занимается варкой (пива, соли, дегтя). Но такое прозвище скорее дало бы фамилию Варкин, Варягин или Варников, а не Варпунов. Сочетание корня «варп» для русского уха чужеродно и явно указывает на заимствование.

Суффикс -ов в фамилии Варпунов — стандартный патронимический формант, указывающий на принадлежность: «сын Варпуна». Но само имя Варпун в русских святцах отсутствует, что подтверждает: перед нами не крестильное имя, а переделанное иноязычное. Географически фамилия тяготеет к северо-западу России: Ленинградская область, Карелия, отчасти Вологодчина. Встречается она редко, и большинство её носителей, вероятно, имеют финские или карельские корни, утраченные за поколения.

Таким образом, Варпунов — это не «варпун какой-то», а человек, чей предок, скорее всего, был Varpunen из Суоми или Карелии, чью фамилию русские писцы записали на свой лад. Социальный статус предков был, вероятно, крестьянским или мещанским, без дворянских привилегий.