Фамилия Варворкина — женская форма мужской фамилии Варворкин, и её происхождение напрямую связано с именем, которое в русской традиции звучит необычно. Основа фамилии — имя Варворка. Это не церковное, а народно-разговорная форма крестильного имени Варвар. В святцах это мужское имя встречается крайне редко (в основном как имя святого великомученика Варвара, но в русской традиции оно почти не прижилось). Однако в просторечии имя Варвар могло трансформироваться в уменьшительное Варворка (через чередование -ар-/-ор-, как в «Варфоломей» — «Варфоломейка»).

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Варворкин, то есть сын или потомок Варворки. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от личных имён, прозвищ или названий профессий, оканчивающихся на -а/-я. В данном случае перед нами именно патроним — отчество, застывшее в фамилии.

География фамилии узкая. Варворкины встречаются преимущественно в центральных и северных регионах России, особенно в бывших Вологодской и Архангельской губерниях. Это объяснимо: именно в северных говорах сохранялись архаичные формы имён, а имя Варвар или его производные могли бытовать дольше, чем в южных областях. Встречается фамилия и в Поволжье, но редко.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с прозвищем Варворка от диалектного глагола «варворкать» (бормотать, говорить невнятно) или от слова «варварка» (в значении «чужеземка», «грубая женщина»). Однако в этом случае фамилия имела бы уничижительный оттенок, что для фамилий на -ин нетипично: обычно такие прозвища давали конкретному человеку, а не целому роду. Поэтому версия с именем выглядит убедительнее.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Варварин, Варваров, Варкин) показывает, что Варворкина стоит особняком: в ней двойная уменьшительная форма (Вар-вор-ка), что делает её одной из самых редких производных от имени Варвар. В отличие от фамилии Варварин, которая прямо указывает на святого, Варворкина несёт отпечаток народной речи — ласковое, «домашнее» обращение, которое со временем закрепилось за целым родом.