Фамилия Варьякойс — редкий пример, где польская и венгерская языковые стихии могли встретиться в одной основе. Вопрос происхождения здесь не закрыт, и стоит разобрать обе версии по порядку.

Первая и наиболее вероятная гипотеза связывает прозвище Варьякойс с польским словом wartać (варьироваться, меняться) или wariat (сумасшедший, безумец). В польских говорах wartjacz или близкое к нему wartał означало человека взбалмошного, сумасбродного. Однако вряд ли прозвище давали в прямом, обличительном смысле. Скорее, оно носило иронический или даже ласковый оттенок: так могли назвать простодушного, наивного человека, который действует не по расчёту, а по настроению, или того, кого в деревне считали чудаковатым. Модель образования фамилии — типичная для польской ономастики: суффикс -ойс (или -ojs) встречается в фамилиях западнославянского ареала, особенно в приграничных с Литвой и Беларусью землях.

Вторая версия ведёт к венгерскому слову varjú — «ворона». В этом случае прозвище Варьякойс могло быть дано человеку по внешнему признаку (тёмные волосы, чёрные глаза) или по поведению (вороной называли бдительного, крикливого, либо, напротив, медлительного человека). У венгров и соседних народов дохристианские имена-тотемы из мира животных были обычным делом, и традиция давать прозвища по птицам сохранялась вплоть до XIX века. Однако венгерская версия слабее: в венгерском языке нет типичного для этой фамилии окончания -ойс, а само слово varjú дало бы скорее фамилию Варью или Варьяи.

Самый правдоподобный вывод: фамилия Варьякойс — польская по корню, с региональным суффиксом, характерным для восточных окраин Речи Посполитой. Носители фамилии — потомки людей, получивших прозвище за необычный, «сумасбродный» нрав или за простодушие. Фамилия редкая, и в современных базах данных встречается единично, что только подтверждает её локальное, возможно, шляхетское или мещанское происхождение из одного конкретного местечка.