Фамилия Ватракшина — женская форма мужской фамилии Ватракшин, образованная по простой и распространённой модели с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность: «чей?» — Ватракшин, то есть «сын (или дочь) Ватракши». Основа фамилии — прозвище или неканоническое имя Ватракша, которое и требует разбора.

Самая вероятная версия связывает это имя с диалектным словом «ватрак» или «ватрака». В русских говорах, особенно на северо-востоке и в Приуралье, «ватрак» — это ленивый, неповоротливый человек, увалень. Слово того же корня, что и «ватрать» (медлить, возиться) или «ватракса» (рохля, размазня). Соответственно, Ватракша — прозвище, данное человеку с медлительным, флегматичным характером. Суффикс -ш- в прозвище мог выполнять уменьшительную или пренебрежительную функцию, как в словах «простофиля» — «простофильша».

Есть и другая, менее убедительная гипотеза: связь с тюркскими корнями. В татарском языке есть слово «ватрак» (ломаный, разбитый) или «ватык» (сломанный). Теоретически прозвище могли дать человеку с изъяном или увечью. Но для фамилии, бытующей в русской среде, первая версия — с диалектным «ватраком» — выглядит естественнее и подкрепляется словообразовательными параллелями: есть фамилии Ватраков, Ватрахин, явно восходящие к тому же корню.

Географически фамилия Ватракшины нечастая, но встречается в регионах, где распространены севернорусские говоры: в Кировской области, Пермском крае, Удмуртии. Это подтверждает диалектную природу прозвища. Социальный статус первых носителей, скорее всего, был крестьянским: прозвища по чертам характера давали в деревне, и фамилия закрепилась в среде государственных или помещичьих крестьян.

Таким образом, фамилия Ватракшина буквально означает «потомок Ватракши», где Ватракша — человек, которого окружающие называли увальнем или медлительным. Никакого возвышенного или героического подтекста здесь нет, зато есть точный портрет предка из бытовой жизни русской деревни, где прозвища были честными и меткими.