Фамилия Варакшина образована от мужского прозвища Варакша. В основе, скорее всего, лежит диалектный глагол «вараксать» или «варакшить», который в северных и сибирских говорах означал «делать кое-как, пачкать, марать, работать небрежно». Человек, получивший такое прозвище, мог слыть неаккуратным или торопливым работником. Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «варакша», так в некоторых областях называли сороку. Прозвище могло указывать на болтливого, суетливого человека или, напротив, на любителя ярких, «сорочьих» нарядов.

Фамилия построена по простой и распространенной модели: к основе Варакш- добавлен притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность «сын Варакши». Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. В женском роде форма Варакшина — это грамматически правильное изменение по родам, а не самостоятельная фамилия с другим значением.

Географически фамилия тяготеет к северу и северо-востоку европейской России. Основные очаги её бытования — Вологодская, Архангельская, Кировская области, а также Пермский край. В этих регионах слово «вараксать» было в ходу, что подтверждает первую версию происхождения. Фамилия встречается нечасто, что говорит о её локальном, а не общерусском распространении.

Интересная деталь: в старинных документах можно встретить вариацию Варакшин с двойным «ш» — Варакшшин. Это не ошибка, а отражение живого произношения, где суффикс -ин прибавлялся к основе, и звук «ш» удваивался для чёткости. Со временем написание упростилось до современного варианта. Таким образом, носитель фамилии Варакшина может с высокой вероятностью считать своими предками жителей Русского Севера, чьё прозвище родилось из бытового наблюдения за характером или привычками человека.