Фамилия Вараков может происходить от нескольких разных корней, и единой версии её происхождения нет. Самый прямой путь — от личного имени Варак, которое является краткой формой канонического имени Вараксий. У этого имени два основных толкования: «благословенный Иисусом» (с еврейского) и «блеск, молния». В библейской истории Варак — израильский военачальник, которого пророчица Девора призвала собрать войско против ханаанского царя Иавина. Варак согласился действовать только при условии, что Девора пойдёт с ним, и в итоге одержал победу, после чего Израиль на двадцать лет избавился от угнетения. Этот сюжет делает имя Варак не просто церковным, но и героическим.

Однако есть и другая линия. У мусульманских народов имя Варак означает «зеленый лист (дерева)» — это тюркское значение, которое даёт фамилии Вараков восточные корни. Таким образом, носители фамилии могли получить её как от христианского святца, так и от тюркского имени, и обе версии одинаково правдоподобны в зависимости от региона.

Кроме того, не исключено, что основа — не имя, а прозвище. В русских говорах глагол «варакать» означает «плохо, небрежно писать; мазать». Варакой могли называть плохого писца, неаккуратного художника или вообще любого нерадивого работника. В некоторых диалектах это слово относилось и к неряшливому человеку. Тогда фамилия Вараков возникла бы не от имени, а от характеристики — по роду занятий или по поведению.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования: «чей?» — Вараков, то есть сын Варака или потомок человека с прозвищем Варака. Фамилия встречается в основном в центральных и южных регионах России, что подтверждает её смешанные корни — как славянские, так и тюркские.