Фамилия Варакина — это отчество второго порядка: она образована от прозвища Варака с помощью стандартного русского патронимического суффикса -ин. Варака — это сын Вараки, а Варакина — дочь или жена Вараки (в современном употреблении фамилия склоняется как женский вариант, хотя исторически форма на -ин могла принадлежать и мужчине). Основа прозвища — глагол «варакать», который в русских говорах означал «делать кое-как, небрежно писать, мазать, пачкать». Отсюда Варака — человек, который пишет или рисует плохо, мазня, а в более широком смысле — неаккуратный работник. В некоторых диалектах слово приобрело и переносное значение: так называли неряху или пустого болтуна.

Менее убедительная, но упоминаемая в ономастике версия связывает прозвище с эрзянским словом «варака» — «ворон». Однако против этой гипотезы говорит то, что фамилия Варакина фиксируется в русских документах уже в XV веке, задолго до массовых контактов с мордовскими народами в центральных уездах. К тому же слово «варака» в значении «ворон» не заимствовано в русские говоры как прозвище, а эрзянская антропонимическая модель редко давала отчества на -ин без посредства русского языка.

Исторические свидетельства, собранные Степаном Веселовским, показывают раннее распространение фамилии: в 1498 году в Новгороде упоминаются помещики Лева и Никита Ивановичи Варакины; в 1559 году в Звенигороде записан Варака Онисимович Карцев — здесь Варака выступает как личное прозвище, от которого позже образовалась фамилия его потомков. В XVI–XVII веках Варакины встречаются в разных служилых списках. Таким образом, фамилия имеет древнюю новгородско-московскую основу, и её носители в большинстве своём происходят из среды служилых людей или посадских, а не из крестьянской глубинки.

Варакина — фамилия редкая по словообразовательному типу: основа на -ак/-як (ср. Вараксин, Варакин) встречается в русских фамилиях нечасто. Ударение падает на второй слог: Вара́кина.