Фамилия Варака — одна из тех, где за коротким звучанием скрывается сразу несколько версий происхождения, и разобраться в них непросто. Самая очевидная гипотеза ведёт к библейскому имени Варак (в русской традиции — Вараксий). В переводе с еврейского оно означает «блеск» или «молния», а по другой трактовке — «благословенный Иисусом». В Ветхом Завете Варак — израильский военачальник, который по призыву пророчицы Деворы собрал войско и разгромил хананеев. История эта драматичная: царь Иавин двадцать лет угнетал израильтян, но после поражения его военачальник Сисара бежал и был убит. Имя Варак известно и в мусульманской среде, где его возводят к тюркскому корню со значением «зелёный лист». Эта параллель даёт основание предполагать, что фамилия Варака могла возникнуть и в среде тюркских народов.

Однако есть и совсем другая, бытовая версия. В русских говорах слово «варака» означало неряшливого человека, а глагол «варакать» — «плохо, небрежно писать» или «мазать». Варакой могли прозвать неаккуратного писца, художника-мазилу или просто нерадивого работника. Эта версия не менее правдоподобна: прозвища от глаголов с отрицательной оценкой в русской ономастике встречаются часто. Таким образом, фамилия Варака могла возникнуть как в церковной, книжной среде (от имени библейского героя), так и в народной, крестьянской — как характеристика человека по его привычкам или роду занятий. Какая из версий верна для конкретной семьи, можно попытаться выяснить, обратившись к географии фамилии и местным говорам, но однозначного ответа здесь нет.