Фамилия Варакин — одна из тех, где прозвище предка разгадывается почти без споров. В её основе лежит глагол «варакать», то есть «небрежно, плохо писать; мазать». Отсюда прямой путь к прозвищу Варака: так в старину называли плохого писца, бездарного художника или вообще любого нерадивого работника. В некоторых говорах слово имело и другие оттенки — неряшливого человека или пустого болтуна. Модель образования фамилии простейшая: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Вараки).

Есть и альтернативная версия, но она заметно слабее. Согласно ей, в основе лежит эрзянское имя Варака, означающее «ворон». Однако для исконно русской фамилии, распространённой в центральных и северных регионах, финно-угорский корень выглядит натяжкой, тем более что глагол «варакать» даёт прямое и естественное объяснение.

Исторические документы подтверждают древность фамилии. С. Веселовский упоминает помещиков Лева и Никиту Ивановичей Варакиных, записанных в 1498 году в Новгороде. В 1559 году в Звенигороде отмечен Варака Онисимович Карцев. В XVI–XVII веках Варакины уже фигурируют в разных актах как сложившийся род. Получается, что уже к концу XV века прозвище Варака перешло в разряд наследственных фамилий, и носители её были людьми служилыми, с землёй и положением.