Фамилия Варакова — женская форма фамилии Вараков. В её основе лежит мужское личное имя или прозвище Варак, и происхождение у этого слова может быть разным. Самая прямая версия ведет к церковному имени Вараксий. В переводе с древнееврейского оно означает «благословенный Иисусом», а по другой трактовке — «блеск» или «молния». В Библии есть свой Варак — израильский военачальник, которого пророчица Девора по Божьему повелению призвала собрать войско против ханаанского царя Иавина. Варак согласился при условии, что Девора пойдет с ним, и в итоге хананеи потерпели сокрушительное поражение. Этот сюжет упоминает апостол Павел, и именно от библейского Варака ведет родословную христианская традиция имени.

Однако имя Варак встречается не только у христиан. У мусульманских народов оно тоже известно и переводится с тюркского как «зеленый лист». Поэтому фамилия Варакова вполне могла сложиться и в тюркской среде. Но есть и третья, бытовая версия. В русских говорах слово «варака» связывали с глаголом «варакать» — «небрежно, плохо писать, пачкать, мазать». Варакой могли назвать плохого писца, неаккуратного художника или просто неряшливого человека, который делает всё кое-как. В некоторых областях так говорили про любого нерадивого работника. Фамилия Варакова, таким образом, могла обозначать жену или дочь такого человека — либо того, кто носил прозвище Варак по роду занятий или по характеру.

Суффикс -ов в основе указывает на типичную русскую модель образования фамилий как притяжательных прилагательных: Вараков — сын Варака. Фамилия не относится к числу редких, но и частотной её не назовешь: она встречается в разных регионах, особенно в Поволжье и на Урале, что может говорить как о русском, так и о тюркском следе.