Фамилия Варакушина образована от прозвища Варакуша. Основа здесь — диалектное название птицы варакушки (от славянского «варакать» — говорить невнятно, пёстро, рябить). Варакушка — мелкая певчая птица из семейства дроздовых, известная ярким пёстрым оперением и способностью подражать чужим голосам. Прозвище Варакуша могли дать либо болтливому человеку, который «стрекочет» без умолку, либо тому, кто носил пёструю, рябую одежду, выделялся внешней пестротой.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Варакушина — «дочь (или жена) Варакуши». В русской ономастике фамилии на -ин чаще всего образовывались от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я, что прямо указывает на прямую связь с конкретным человеком по мужской линии. Модель типична для северных и центральных регионов России, где такие фамилии фиксировались в крестьянской среде с XVII века.

В отличие от фамилий на -ов (от основ на твёрдый согласный), Варакушина — пример так называемой «материнской» или «жениной» формы, хотя на деле она просто наследует прозвище отца. Никакой связи с матриархатом здесь нет: просто основа Варакуш дала суффикс -ин, а не -ов.

Географически фамилия встречается рассеянно, но заметнее всего в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — в тех краях, где слово «варакушка» бытовало в живой речи и где птица эта обычна. Варакушины не принадлежали к дворянству: это типичная крестьянская или мещанская фамилия, без фиксации в родословных книгах. Встречаются написания с одной «с» (Варакушина) и двойной (Варакушкина) — второй вариант связан с диалектным смягчением «ш» в «ск».

Сравнение с однокоренными фамилиями Варакин, Вараков, Варакута показывает, что корень «варак-» в русских прозвищах означал не только птицу, но и «пёстрый», «рябой» или «говорун». Варакушина стоит в этом ряду как самый прямой «птичий» вариант — без дополнительных суффиксов и переосмыслений.