Фамилия Варакушин образована от прозвища Варакуша. В основе лежит неличное имя или прозвище, а название птицы — варакушки. Эта мелкая певчая птица из семейства дроздовых, родственница соловья, известна своим ярким голубым пятном на груди и способностью подражать чужим голосам. В народе варакушкой называли не только птицу, но и человека — говорливого, бойкого, любящего передразнивать или просто шумного, вертлявого. Прозвище могло закрепиться за тем, кто «варакушил», то есть болтал без умолку или передразнивал окружающих.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Варакушин — сын Варакуши. Это типичная для русских фамилий модель, где притяжательное прилагательное со временем застыло в форме фамилии. Варакуша, в свою очередь, — прозвище, которое могло быть и мирским именем: до христианизации на Руси такие «птичьи» имена (Соловей, Воробей, Сокол) были распространены как обереги или пожелания.

Географически фамилия не привязана к одной области, но чаще встречается в центральных и северных регионах России, в частности в Вологодской, Архангельской и Кировской областях. Встречаются и варианты написания — Варакушев, где суффикс -ев вместо -ин, что говорит о возможной диалектной или фонетической замене. Варакуша как прозвище фиксируется в исторических документах с XVII века, например, в актах по Устюгу Великому упоминаются крестьяне с таким именем.

Слово «варакушка» имеет и второе, менее известное значение — так в некоторых говорах называли болтуна или пустомелю, а также человека, который «варакает», то есть пишет или говорит неразборчиво, кое-как. Поэтому предок Варакушиных мог быть не только голосистым, как птица, но и, скажем, плохим писцом или баламутом. В любом случае, фамилия звучит живо и напоминает о яркой, заметной черте характера первого носителя.