Фамилия Варкушин происходит от именования Варкуша, которое образовано при помощи уменьшительного суффикса –уш от имени Варко. Имя Варко является западнославянской уменьшительной формой имен Варварий (от греческого «чужеземный») или Варахисий (Варак, Вараксий) в переводе с еврейского означающего «возможно, благословенный Иисусом». Нельзя исключить, что именование Варко является мирским именем, которое восходит к аналогичному украинскому слову со значением «душно, жарко». Именем Варко родители обычно нарекали ребенка, родившегося в жаркую, знойную погоду. Фамилия Варкушин образовалась при помощи суффикса -ин. Поэтому Варкушин буквально понималось как «сын Варкуши».