Фамилия Варкушин образована от личного имени или прозвища Варкуша, а то, в свою очередь, — от более краткой формы Варко. Здесь сработала типичная для русских фамилий модель: к основе на -а, -я добавляли притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Варкушин). Буквально это значило «сын Варкуши» или «потомок Варкуши».

Сам корень Варк- допускает несколько объяснений, и ни одно из них не выглядит натянутым. Первая версия — западнославянская. Имя Варко могло быть уменьшительной формой от Варварий (греческое «чужеземный») или от Варахисий (Варак, Вараксий), которое в переводе с еврейского, по разным толкованиям, означает «возможно, благословенный Иисусом». Вторая версия — чисто славянская, мирская. В украинском языке есть слово «варко» — «душно, жарко, знойно». Таким именем родители могли назвать ребёнка, родившегося в особенно жаркий день, по народной традиции давать прозвища по обстоятельствам появления на свет.

Вторая версия кажется более правдоподобной для бытовой ономастики: прозвища по погоде встречаются часто (Мороз, Студень, Жара), а церковные имена Варахисий и Варварий были редки даже в святцах. Впрочем, полностью исключать и первое объяснение нельзя — в южнорусских и западнорусских землях, где пересекались влияния, такая гибридная форма могла прижиться.

Фамилия Варкушин — редкая. Встречается в основном в центральных и восточных областях России, что косвенно указывает на её позднее закрепление: носители, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию в XIX веке. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.