Фамилия Варкушины в своей основе имеет прозвище или нецерковное имя Варкуша. Оно, в свою очередь, образовано с помощью уменьшительного суффикса -уш- от более краткой формы — имени Варко. Эта цепочка словообразования типична для русских фамилий: полное имя или прозвище сначала сокращали в быту, а затем добавляли фамильный суффикс.

Происхождение самого имени Варко неоднозначно, и здесь есть как минимум две версии. Первая связывает его с западнославянскими формами крестильных имён. Это могло быть сокращение от Варварий (греч. «чужеземный») или от редкого имени Варахисий (Варак, Вараксий), которое, по некоторым толкованиям, восходит к древнееврейскому корню со значением «благословенный». Вторая версия — мирская, бытовая. В украинском языке слово «варко» означает «душно, жарко, знойно». В таком случае Варко — это имя-оберег или имя по обстоятельству: так могли назвать ребёнка, родившегося в жаркий летний день. Эта версия выглядит правдоподобнее для простонародной среды, где мирские имена были распространены шире, чем редкие календарные.

Фамилия Варкушин закрепилась в форме притяжательного прилагательного с суффиксом -ин. В древнерусской традиции это означало «чей?» — «сын Варкуши» или «человек из семьи Варкуши». Процесс становления таких фамилий у крестьян и посадских людей шёл в основном с XIV–XV веков, когда родовые прозвания начали передаваться по наследству.

Таким образом, фамилия Варкушины хранит в себе память о личном имени или прозвище дальнего предка, а её корень уходит в народную славянскую культуру именования, где прозрачное значение слова или уменьшительная форма имени могли сосуществовать в одном звучании.