Фамилия Варкушина — женская форма, образованная от мужской Варкушин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Варкуша, которое, в свою очередь, возникло с помощью уменьшительного суффикса -уш от имени Варко. Эта цепочка словообразования типична для русских фамилий на -ин: они указывали на принадлежность человеку, то есть Варкушина буквально означало «дочь (или жена) Варкуши».

Само имя Варко — спорный корень. По одной версии, это западнославянская уменьшительная форма от Варварий (греческое «чужеземный») или Варахисий (возможное значение — «благословенный Иисусом»). Такое объяснение связывает фамилию с крестильными именами, которые в быту часто сокращали и переделывали на славянский лад.

Однако есть и другая, не менее правдоподобная версия, которую нельзя обойти стороной. В украинском языке слово «варко» означает «душно, жарко». Имя Варко могло быть мирским, то есть нецерковным прозвищем, которое родители давали ребёнку, родившемуся в знойную погоду. Такие бытовые имена по погоде или времени года — распространённая древнерусская традиция. В этом случае фамилия Варкушина оказывается «метеорологической» по происхождению, а не связанной с церковными святцами.

Точное время и место возникновения рода Варкушиных можно установить только в ходе глубоких генеалогических изысканий. Фамилия редкая, и её носители, скорее всего, выходцы из западнорусских или украинских земель, где имя Варко бытовало в речи.