Фамилия Вакушин — это типичная русская фамилия, образованная по модели «прозвище + суффикс -ин». Суффикс -ин указывает на принадлежность: Вакушин буквально означает «сын Вакуши» или «человек из рода Вакуши». Такие фамилии обычно возникали в северных и центральных русских землях, где -ин был так же распространён, как -ов на юге.

Основа фамилии — прозвище Вакуша. В архангельских говорах так называли лягушку. Это диалектное слово и есть главный ключ к происхождению фамилии. Прозвище могло закрепиться за человеком по разным причинам. Самое прямое объяснение — место жительства: предок жил в болотистой, сырой местности, где водилось много лягушек. Другая версия, более психологическая, — внешнее сходство или повадки: например, холодные руки и ноги (как у лягушки) или привычка сидеть на корточках.

Существует и вторая, менее бытовая версия. Вакуша могло быть не прозвищем, а мирским именем. В дохристианской и раннехристианской Руси детям нередко давали «защитные» имена от названий животных, растений или явлений природы. Считалось, что такое имя делает ребёнка «своим» для природы, передаёт ему полезные качества животного — в случае с лягушкой это могли быть живучесть, способность адаптироваться к любой среде. Со временем мирское имя вытеснялось крестильным, но успевало закрепиться в роду как прозвище, а затем и как фамилия.

Обе версии сходятся в одном: в основе лежит слово «вакуша» — лягушка. Разница лишь в том, было ли это случайное уличное прозвище взрослого человека или намеренное имя, данное при рождении. Первая версия (прозвище по месту жительства или внешности) выглядит правдоподобнее: фамилии от прозвищ в русской среде возникали чаще, чем от мирских имён, и архангельская диалектная привязка — сильный аргумент.

Фамилия Вакушин редкая и географически привязана к Русскому Северу, в первую очередь к Архангельской области и соседним регионам. Это сразу отличает её от более распространённых однокоренных фамилий вроде Вакулов или Вакуленко, которые связаны с именем Вакула (народная форма имени Вукол) и распространены на юге России и Украине. Вакушин же стоит особняком: его корень — не церковное имя, а чисто народное, диалектное слово.