Фамилия Вакушева образована от имени или прозвища Вакуша. Основная версия связывает её с крестильным именем Вукол греческого происхождения — «пастырь, пастух». Вакуша — одна из уменьшительных форм этого имени, наряду с Вакулой. Покровителем имени считается святой Власий Кесарийский (Вукол), живший в III веке. По преданию, он был пастухом, во время гонений на христиан добровольно отдался в руки мучителей, его били воловьими жилами, но раны исцелялись, и язычники, видевшие это чудо, уверовали во Христа. Таким образом, в основе фамилии лежит церковное имя, а не прозвище, что для русских фамилий типично.

Менее вероятна версия о прозвищном происхождении Вакуши. В архангельских говорах «вакуша» — лягушка. Такое прозвище могли дать человеку, жившему в болотистой местности или имевшему холодные руки и ноги (по ассоциации с лягушкой). Однако эта гипотеза слабее, так как фамилии от диалектных названий животных встречаются реже, чем от календарных имён, а архангельское слово — узкорегиональное.

Фамилия фиксируется в Удмуртии: в документах начала XX века упоминается Вакушева Марфа Михайловна, родившаяся в 1905 году в Петунинском районе. География бытования фамилии — преимущественно северные и центральные регионы России, что согласуется с распространением имени Вукол в этих краях. Суффикс -ев (вместо более частого -ов) указывает на основу, оканчивающуюся на мягкий согласный или -а: Вакуша → Вакушев.