Фамилия Вакушина хранит память о прозвище дальнего предка — Вакуша. В архангельских говорах так называли лягушку. Это диалектное слово и стало основой фамилии. Прозвище могло закрепиться по двум причинам: либо из-за физической особенности (например, холодные руки и ноги), либо из-за места жительства — в болотистой, сырой местности. В любом случае прозвище оказалось настолько употребительным, что со временем вытеснило крестильное имя и перешло в фамилию.

Словообразовательная модель проста: к основе Вакуш- добавлен суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Вакуши). Это типичный патроним, характерный для северных и центральных областей России. Мужской вариант фамилии — Вакушин, женский — Вакушина. Поскольку прозвище Вакуша — диалектное, фамилия встречается редко и в основном на Русском Севере, что подтверждает её локальное происхождение.

В ономастических трудах подобные фамилии, образованные от названий животных в говорах, рассматриваются как группа «прозвищных» фамилий. Б. Унбегау в «Русских фамилиях» отмечает, что такие прозвища часто давались по сходству с животным или по условиям быта. Версия о «лягушачьем» корне — основная и наиболее правдоподобная; альтернативные гипотезы (например, связь с личным именем Вакула) слабы, так как не объясняют диалектную огласовку «а» вместо «о» в основе.