Фамилия Вакулина образована от имени или прозвища Вакула. Самая распространённая версия связывает это имя с каноническим мужским именем Вукол. Вукол — имя греческого происхождения, в переводе означает «пастух». Покровителем имени считается святой Вукол, епископ Смирнский, ученик Иоанна Богослова, известный обращением язычников в христианство. Память этого святого церковь отмечает 6 февраля.

Есть и вторая, менее вероятная гипотеза. Согласно ей, прозвище Вакула происходит от глагола «бакулить», то есть «говорить, беседовать». В этом случае основатель рода мог получить прозвище за общительность и разговорчивость. Однако большинство ономастов склоняются к первой версии: имя Вакула — это народная, обиходная форма имени Вукол, возникшая в результате замены звуков.

Суффикс -ин указывает на принадлежность к роду: «чей?» — Вакулин, то есть сын или потомок Вакулы. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от личных имён, оканчивающихся на -а или -я.

Отдельного внимания заслуживает социальный статус рода. Вакулины — старинный русский дворянский род. С конца XVI века они владели поместьями в Звенигородском уезде. Род был записан в III часть родословной книги Черниговской губернии, куда вносили потомственные дворяне, получившие дворянство по выслуге или пожалованию. Эта деталь выделяет фамилию среди множества других, образованных от имени Вакула, и говорит о том, что её носители принадлежали к служилому сословию.