Фамилия Вакулины — это отчество на -ин, образованное от прозвища или нецерковного имени Вакула. Словообразовательная модель проста: к основе Вакул- прибавили суффикс принадлежности -ин, означающий «чей?» — «сын Вакулы» или «из дома Вакулы».

Сам корень спорный. Наиболее убедительная версия связывает Вакулу с каноническим мужским именем Вукол. Вукол — греческое имя со значением «пастух» (буквально «волопас»). В народной речи имя переиначили: утрата начального «в» и замена «о» на «а» дала форму Вакула. Такая переработка церковных имён в быту — обычное дело для русской антропонимии. Менее вероятная версия выводит Вакулу из уменьшительной формы от Владимир или Всеволод, но она не находит серьёзной поддержки в ономастике.

Известен исторический однофамилец: в словаре С. Б. Веселовского записан Бакула, крестьянин, 1495 год, Новгород. Форма Бакула (с «а» в первом слоге) — фонетический вариант того же имени, распространённый в северо-западных землях. Это указывает, что фамилия Вакулины могла возникнуть в новгородских или псковских пределах, где чередование в/б (вместо Вакула — Бакула) встречалось в говорах.

Фамилия Вакулины — памятник живой народной переработки греческого имени, закрепившийся в русской ономастике.