Фамилия Вакушкина — женская форма, мужской вариант — Вакушкин. В основе лежит имя или прозвище Вакушка, что сразу указывает на модель образования через суффикс -ин. Этот суффикс в русских фамилиях означает принадлежность: Вакушкин — сын Вакушки, то есть потомок человека, которого звали Вакушкой.

Само имя Вакушка — это уменьшительно-ласкательная форма от канонического крестильного имени Варлаам. Варлаам — имя греческого происхождения, в святцах связано с преподобным Варлаамом Пустынником. В народной речи имя упрощалось: Варлаам давал производные Варлашка, Варламка, а в некоторых говорах, особенно на Русском Севере и в Поволжье, звук «р» выпадал, и получалось Вакушка. Такое стяжение — обычное дело для диалектной фонетики: так Варфоломей превращался в Фому, а Варлаам — в Вакулу и Вакушку.

Однако есть и вторая версия, менее вероятная, но допустимая для южных регионов. Вакушкой могли прозвать человека от глагола «вакать» — то есть издавать невнятные звуки, мычать, говорить неразборчиво. В некоторых говорах «вакуша» — прозвище молчуна или заики. Но эта версия слабее, потому что фамилия на -ин обычно привязана к имени, а не к глагольному прозвищу, если только оно не закрепилось за конкретным человеком.

Географически фамилия Вакушкин встречается нечасто, но прослеживается в двух областях: в Архангельской и Вологодской губерниях (где имя Варлаам было популярно из-за северных монастырей) и в Мордовии, куда фамилия могла попасть с переселенцами или через местные варианты имени. Сословно носители фамилии — скорее всего, крестьяне или посадские люди, так как имя Варлаам в дворянской среде встречалось редко, а простонародная форма Вакушка — тем более.

В написании фамилии возможна путаница с однокоренной фамилией Вакулов (от Вакула) или с более редкой Вакушин, но Вакушкин сохраняет именно уменьшительный суффикс -к-, который подчёркивает ласкательное отношение к предку.