Фамилия Ваткушева — редкая и неочевидная по происхождению. На первый взгляд в ней слышится что-то финно-угорское или тюркское, но при разборе по составу выясняется, что перед нами типичная русская фамилия, образованная по модели притяжательных прилагательных. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Ваткушев — сын или потомок человека по прозвищу Ваткуш. Основа здесь — «Ваткуш», и именно её происхождение вызывает споры.

Самая правдоподобная версия ведёт к диалектному слову «ваткать» — в некоторых северных и уральских говорах так называли валять, сбивать шерсть, делать валенки или войлок. Прозвище Ваткуш могли дать мастеру-валяльщику, человеку, который занимался производством тёплой обуви. Такая профессия была в ходу в лесных и холодных регионах, где валенки — необходимая вещь. В этом случае фамилия — профессиональная, как, например, Кожевников или Скорняков, но с более узкой региональной привязкой.

Менее вероятна, но возможна версия от личного имени Ваткуш как варианта крестильного имени Ватко (редкая форма от Вассиан или Вадим). Однако в святцах такого имени нет, а прозвища от глаголов в крестьянской среде встречались гораздо чаще. Суффикс -уш в прозвищах (ср. Микуш, Петруш, Климкуш) придавал уменьшительно-ласкательный или фамильярный оттенок, и Ваткуш могло быть прозвищем человека, который «ваткает» — то есть делает что-то монотонно, сбивает, уминает.

География фамилии узкая. Основной ареал — Удмуртия, Кировская область и Пермский край. Это совпадает с зоной бытования севернорусских говоров, где слово «ваткать» было в ходу. Встречаемость фамилии крайне низкая, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, предки Ваткушевых жили в одном-двух селениях, и фамилия не распространилась широко.

Однокоренных фамилий немного: Ваткушев (мужская форма), Ваткушин, Ваткалов. Все они держатся в том же регионе. Если сравнивать с более известными фамилиями, то по модели образования Ваткушева стоит в одном ряду с Матюшев, Петрушев, Тикушев — от прозвищ на -уш. Но в отличие от них, основа не от имени, а от занятия, что делает фамилию ценной для историков ремёсел: она прямо указывает на забытое сейчас слово, связанное с валяльным промыслом.