Фамилия Ватрацков — одна из тех, что сразу ставит перед исследователем загадку: корень «ватрац-» не встречается в современном русском языке. Разгадка лежит в диалектах и профессиональном прошлом. Скорее всего, в основе лежит слово «ватрак» или «ватрац», которое в южнорусских и украинских говорах означало «валяльщик шерсти», «шерстобит» или «войлочник». Это ремесленник, который изготавливал валенки, кошмы или войлок — необходимый в крестьянском быту материал. Человек, занимавшийся этим делом, получал прозвище Ватрак, а его потомки — фамилию Ватрацков.

Фамилия образована по типичной восточнославянской модели: к основе «Ватрак» добавился суффикс принадлежности -ов, а затем, после палатализации, корень изменился на «Ватрац-». Звук «к» перед суффиксом перешёл в «ц», что дало нам привычное «Ватрацков». Такая замена характерна для многих фамилий, например, от прозвища «Кулик» получаем «Кулицков», хотя встречается и вариант «Куликов». В случае с Ватрацковым мы видим именно мягкий вариант, что может указывать на конкретный диалект или говор, где форма «ватрац» была нормой.

Слово «ватрак» имеет и ещё одно значение — «горшечник» или «гончар», зафиксированное в некоторых областях. Оба ремесла — и валяние шерсти, и гончарное дело — были распространены среди простого люда, поэтому фамилия Ватрацков могла возникнуть в разных регионах независимо. Однако более вероятной остаётся версия с шерстобитом, так как в русских говорах слово «ватрак» в значении «войлочник» встречается чаще и имеет чёткие параллели в других славянских языках.

Фамилия редкая, её географическая привязка — преимущественно юг России, а также территории бывшей Черниговской и Курской губерний, где украинское влияние на лексику было сильным. Носители фамилии Ватрацков, как правило, потомки небогатых ремесленников или крестьян, занимавшихся обработкой шерсти. Сословная принадлежность не вызывает сомнений: это фамилия не дворянская, а народная, возникшая в среде мастеровых людей.