Фамилия Ватякова — женская форма фамилии Ватяков, и её разбор стоит начать с мужского варианта. Основа здесь — прозвище или нецерковное имя Ватяк. Оно образовано от просторечного глагола «ватить» — в разных говорах это означало «валять», «катать», «пачкать», а также «бить, колотить». Соответственно, Ватяком могли прозвать неаккуратного человека, который ходит испачканным, либо, напротив, того, кто занимался валянием — изготовлением валенок, войлока или шерстяных изделий. Версия с ремеслом выглядит убедительнее: прозвища по профессии давали чаще, чем по неопрятности, и они легче закреплялись в фамилиях.

Суффикс -як в русских прозвищах и фамилиях типичен для северных и уральских говоров (сравните: Коряк, Бодяк, Ломтяк). Он указывал на принадлежность к действию или качеству. Поэтому географически фамилия Ватяков (и Ватякова) скорее всего зародилась в северных областях России — на Вологодчине, в Архангельской губернии или в Приуралье. Там же было развито валяльное дело.

Патронимический суффикс -ов в окончании фамилии говорит о том, что она возникла как «чей?» — сын Ватяка, потомок человека с таким прозвищем. В женском варианте Ватякова — это дочь, жена или вдова Ватякова.

Стоит отметить, что фамилия редкая. В дореволюционных переписях и современных базах она встречается точечно, в основном в центральной России и Поволжье, что может говорить о миграции носителей с севера в более поздние века. Однокоренные фамилии — Ватин, Ваткин, Ватников — встречаются чаще, но все они восходят к одному смысловому гнезду, связанному с валянием или обработкой шерсти.