Фамилия Ватяков образована от прозвища или нецерковного имени Ватяк, а то, в свою очередь, — от глагола «ва́тать» или «ва́теть». В русских говорах у этих слов несколько значений: «пачкать, марать», «медлить, мешкать», а также «делать что-то небрежно, кое-как». Соответственно, Ватяком могли прозвать неаккуратного человека, копуху или того, кто работал спустя рукава. Впрочем, в некоторых диалектах «ватяться» означало «качаться, шататься» — прозвище могло пристать к неуклюжему или нетвёрдому на ногах человеку.

Суффикс -ов в фамилии указывает на принадлежность: Ватяков — сын Ватяка. Это типичная русская патронимическая модель, самая распространённая в центральных и северных регионах. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, и её основа — не церковное имя, а бытовое прозвище, что говорит о происхождении из среды, где людей называли не по святцам, а по характерным чертам.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с именем Ватя — уменьшительной формой от Варфоломей или Валентин. В этом случае суффикс -як образует фамилию по той же модели, что и, например, Боряк от Борис. Но для фамилии Ватяков эта гипотеза слабее, потому что прозвищная основа с глагольным корнем встречается в документах чаще, чем производные от канонических имён с таким редким суффиксом.

Географически фамилия тяготеет к северным и вологодским говорам — именно там зафиксированы диалектные глаголы «ва́тать», «ва́теть». Встречается она нечасто, что объясняется узкой локальной основой: прозвище было понятно в конкретной местности, а за её пределами теряло смысл. Однокоренные фамилии — Ватагин, Ватин, Ватолин — образованы от других диалектных слов и не пересекаются с Ватяковым по значению.

Таким образом, предок носителя фамилии Ватяков — человек, получивший прозвище за неспешность, небрежность или неловкость. Никакого отношения к вате или ватникам эта фамилия не имеет: корень здесь чисто глагольный, а не предметный.