Фамилия Ватян — почти наверняка армянского происхождения. На это указывает характерный суффикс -ян, один из самых распространённых в армянской ономастике. Он означает принадлежность, происхождение, родство: буквально «из рода такого-то» или «потомок такого-то». В русской среде этот суффикс часто заменял более привычные -ов/-ев, а в самой Армении фамилии на -ян массово закрепились в XIX веке, хотя встречались и раньше.

Основа Ват- в армянском языке многозначна. Самое прямое объяснение — от имени Вата (арм. Վաթա), которое могло быть как самостоятельным, так и сокращением от сложных имён вроде Ватане (от «ват» — «слово», «речь», или от персидского «ват» — «ветер»). Однако есть и бытовая версия: слово «ват» (վատ) в армянском означает «плохой», «дурной», «слабый». В роли прозвища такое слово могли дать человеку с непростым характером или, наоборот, в качестве оберега — чтобы злые силы не позарились на ребёнка с «плохим» именем.

Третий, менее очевидный вариант — топонимический. В Армении и исторической Западной Армении есть несколько сёл с корнем «Ват» или «Ватян» (например, Ватан в Гехаркуникской области). Предок мог получить фамилию по месту, откуда родом. Но без точной привязки к конкретному населённому пункту это лишь предположение.

С точки зрения словообразования фамилия проста: корень + типичный армянский суффикс. Никаких редких суффиксальных конструкций или славянских наслоений здесь нет. Встречается она преимущественно в Армении, в армянских диаспорах России, Грузии и стран Ближнего Востока. В русском написании ударение, скорее всего, падает на последний слог — ВатЯн, хотя в самой Армении возможны варианты.

Из-за краткости основы фамилия не даёт однозначного ответа, кем были предки — ремесленниками, крестьянами или воинами. Но она точно указывает на армянские корни и, вероятно, на происхождение из региона, где было распространено имя Вата или топоним с этим корнем.