Фамилия Ватьян — армянская по происхождению. Её основа, как и у многих армянских фамилий, восходит к родовому имени или прозвищу, а суффикс -ян (в старой записи -янц) указывает на принадлежность к роду: «из семьи таких-то».

Скорее всего, в основе фамилии лежит прозвище Ват или Вати. На армянском языке «ват» (ва́т) означает «ветер». Такое прозвище могли дать человеку подвижному, быстрому в движениях, ловкому — то есть буквально «быстрому, как ветер». Возможно, это было не прозвище, а личное имя Ват (Вати), данное по названию природного явления. Подобные имена в старину были не редкостью: они могли указывать на погоду, которая сопутствовала рождению ребёнка, или давались в соответствии с древними обычаями поклонения стихиям. Называя ребёнка Ветром, родители, возможно, надеялись, что природа будет воспринимать его как своего и окажет покровительство.

Есть и другая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование: фамилия Ватьян могла образоваться от географического названия Вати. Так в некоторых источниках называют Батуми. В этом случае основатель рода был выходцем из Вати, а фамилия указывала на его происхождение.

В любом случае, фамилия Ватьян поначалу имела значение «из рода Вата (Вати)» — будь то человек-ветер или человек из Вати.