Фамилия Ватюшенко — яркий пример украинской модели образования фамилий с характерным суффиксом -енко. В украинской ономастике этот суффикс, изначально означавший «маленький» или «сын», стал основным способом формирования фамилий, вытеснив русские -ов/-ев и -ин. Таким образом, Ватюшенко — это «потомок Ватюши», где Ватюша — уменьшительная форма от имени Ват, Ватя.

Самая правдоподобная версия происхождения основы — от канонического крестильного имени Ват, которое является просторечной формой имени Ватсон или, что вероятнее, Аватий. В православных святцах есть имя Аватий (от греческого «абатос» — непроходимый, священный). В народной речи имя Аватий сокращалось до Ват, а затем появились ласкательные формы Ватя, Ватюша. Менее вероятна, но возможна связь с глаголом «ватить» — в некоторых южнорусских говорах это означало «наклонять», «сгибать», или с диалектным словом «ватный» — вялый, медлительный. Однако происхождение от имени выглядит убедительнее, поскольку подавляющее большинство фамилий на -енко образовано именно от личных имён.

Географически фамилия Ватюшенко тяготеет к левобережной Украине, особенно к Полтавской и Сумской областям, а также к югу России, куда переселялись украинские крестьяне. Это фамилия не дворянская, а крестьянская или казацкая: в среде запорожских казаков и сельских общин фамилии на -енко были рядовым явлением и не указывали на высокое сословие. Носитель фамилии Ватюшенко в XVIII–XIX веках с высокой долей вероятности был либо казаком, либо крестьянином, а его прямой предок носил уменьшительное имя Ватюша.

Словообразовательная цепочка проста: Ват (основа) → Ватюша (уменьшительное с суффиксом -юш-) → Ватюшенко (патроним). Суффикс -енко здесь присоединяется к основе, оканчивающейся на -ш, что типично для украинских фамилий (ср. Гришенко, Тимошенко). Фамилия не имеет вариантов с твёрдым суффиксом -енков, так как -енко — это исходная украинская форма, и в русском языке она сохранилась без переоформления. Это отличает её от фамилий вроде Ватюшин, где использован русский суффикс -ин, и от Ватюхов, где основа другая.