Фамилия Ванюшенко образована от просторечной формы Ванюша крестильного имени Иоанн, которое в переводе с древнееврейского означает «милость Божья». В русской традиции имя Иоанн дало десятки производных форм — от официального Иван до домашних Ваня, Ванюша, Ванятка. Именно Ванюша легла в основу фамилии, но не напрямую, а через характерный украинский суффикс -енко.

Суффикс -енко в восточнославянской ономастике — один из самых частых маркеров украинского происхождения. Первоначально он указывал на сына: Ванюшенко буквально значило «маленький Ванюша» или «сын Ванюши». Со временем семейное прозвище закрепилось за потомками и перестало зависеть от возраста носителя. Такая модель типична для Поднепровья, Левобережной Украины и южнорусских областей, куда в XVII–XVIII веках переселялись украинские казаки и крестьяне.

В отличие от фамилий на -ов/-ев (Ванюшов, Ванюшин), которые чаще встречаются в северных и центральных регионах России, форма на -енко прочно ассоциируется с украинской антропонимической традицией. При этом сама основа Ванюша — общеславянская, поэтому Ванюшенко могла возникнуть и в среде русских переселенцев на южных границах, где украинский суффикс был заимствован в качестве модного или престижного.

Написание фамилии устойчиво: в исторических документах XIX века встречаются варианты Ванюшенко и изредка Ванюшенков (под влиянием русской канцелярской традиции), но основной формой остаётся именно короткая украинская модель. Сословной привязки у фамилии нет — её могли носить и казаки, и крестьяне, и мещане, поскольку имя Иван было распространено во всех слоях общества.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Ванюшенко стоит в одном ряду с Ванюковым, Ванютиным, Ванюшкиным, но отличается региональным колоритом: это не столько «сын Вани», сколько «потомок Ванюши» с отчётливым южнорусским или украинским акцентом.