Фамилия Ванюшенков образована от имени Ванюша, которое является производной формой крестильного мужского имени Иоанн. В переводе с древнееврейского языка это имя означает «милость Божья». Имя Иоанн (Иван) на протяжении нескольких столетий (с XVI по XIX века) оставалось самым частым у русских: среди крестьянства оно охватывало от 15 до 25% всех мужчин. Возможно, основатель рода Ванюшенковых был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Со временем, вероятно, род Ванюшенко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов. Таким образом, потомок человека, которого звали Ванюша, со временем получил фамилию Ванюшенков.