Фамилия Ванюшины — одна из тех, что хранит в себе историю имени, которое когда-то было едва ли не самым распространённым на Руси. Её основа — старинное домашнее имя Ванюша. В русской народной традиции полное имя Иван давало десятки ласковых и обиходных форм: Ваня, Ванечка, Ванюта, Ванята и, наконец, Ванюша. Именно последняя, образованная с помощью суффикса -юш-, и закрепилась в фамилии.

По словообразовательной модели фамилия относится к типичному патронимическому типу на -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Ванюшин, то есть сын, потомок Ванюши. Такая модель в русских фамилиях обычно возникала, когда в основе лежало имя или прозвище, оканчивающееся на -а или -я (Ванюша, Кузьма, Илья).

Само имя Иван, от которого произошёл Ванюша, восходит к каноническому церковному имени Иоанн. В переводе с древнееврейского оно означает «милость Божья» или «Яхве смилостивился». Благодаря частому употреблению и огромной популярности имени Иван на всей территории России, фамилии с корнем Ван- встречаются повсеместно, но форма Ванюшины — одна из самых узнаваемых именно по суффиксу, характерному для северных и центральных областей.

Точное место и время возникновения фамилии Ванюшин установить сложно — процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, с XV по XVII век. Однако ясно, что она появилась в крестьянской или посадской среде, где широко бытовали уменьшительные имена. В отличие от дворянских фамилий на -ский, такие «бытовые» патронимы часто не фиксировались в документах сразу, а передавались устно, пока не закреплялись в переписях.

В современном написании фамилия может встречаться как в форме Ванюшин, так и Ванюшины — во множественном числе, если речь идёт о целой семье или роде. Среди однокоренных фамилий — Ванюков, Ванютин, Ванеев, Ваньков, но Ванюшины выделяются именно суффиксом -юш-, который придаёт основе отчётливый ласкательный оттенок.