Фамилия Ванюшкин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Её основа — уменьшительная форма Ванюшка, производная от имени Иван (церковное Иоанн). Ванюшка — одна из многих ласкательных форм, появившихся в народной речи: от Ивана образовывали Ивася, Иваша, Ваню, Ванечку, Ванюту, Ваняту и, наконец, Ванюшку. Суффикс -ушк- в этой форме придавал имени не только уменьшительность, но и оттенок нежности, который затем перешёл в фамилию. Само имя Иван, как и исходное Иоанн, в переводе с древнееврейского означает «милость Божья», но для происхождения фамилии важнее другое: насколько популярным было это имя в России. Иван веками оставалось самым частым мужским именем, поэтому фамилии на его основе — одни из самых распространённых. Однако Ванюшкин — вариант сравнительно редкий, поскольку суффикс -ушк- встречается в фамилиях реже, чем стандартные -ов/-ев или -ин.

Интересно, что фамилия Ванюшкин образована по модели, типичной для русских фамилий на -ин: она указывает на принадлежность человеку по имени Ванюшка (буквально «чей?» — «Ванюшкин сын»). Такая модель часто закреплялась за детьми или внуками, когда имя отца или деда ещё не превратилось в фамилию окончательно. О точном месте и времени возникновения фамилии Ванюшкин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным, но можно предположить, что она могла возникнуть в среде, где уменьшительные формы имён использовались в быту особенно активно — например, в крестьянской или мещанской среде центральной России. В официальных документах XVIII–XIX веков фамилия Ванюшкин встречается нечасто, что подтверждает её локальный или семейный характер. Тем не менее, фамилия Ванюшкин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры, сохранивший в себе живую народную форму имени, которая почти вышла из употребления в современном русском языке.