Фамилия Ванюшкова образована от имени Ванюшка — уменьшительной формы крестильного имени Иван. Имя Иван (от древнееврейского Йоханан — «Бог помиловал») на протяжении столетий оставалось самым частым у русских, поэтому его производные дали огромный пласт фамилий: от Иванова до Ванина, Ванечкина, Ванькова. Ванюшка — одна из ласкательных народных форм, распространённая в северных и центральных губерниях.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе Ванюшк- добавлен суффикс -ов-, указывающий на принадлежность («чей?» — Ванюшков). Окончание -а — грамматический признак женского рода, то есть исходная форма фамилии — Ванюшков. По суффиксу -ов- (а не -ин) можно предположить, что прозвище или имя отца звучало как Ванюшок или Ванюшка: в русской ономастике фамилии на -ов/-ев образовывались от основ на согласный, а на -ин — от основ на -а/-я. Однако здесь основа заканчивается на -к, что делает модель смешанной: Ванюшка дал бы Ванюшкин, а Ванюшок — Ванюшков. Словарь Б. Унбегауна относит такие случаи к вариантам, где уменьшительное имя могло осмысляться и как Ванюшок (с утратой конечного гласного в основе).

Географически фамилия Ванюшкова встречается рассеянно, но заметно чаще фиксируется в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — регионах, где диалектная форма Ванюшка была особенно употребительна. В отличие от «столичных» Ивановых, носители фамилии редко принадлежали к дворянству: это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая не позднее XVII — начала XVIII века, когда массово закреплялись отчества в виде фамилий.

Стоит обратить внимание на редкий суффиксальный нюанс: фамилия Ванюшкова стоит в одном ряду с однокоренными, но менее частыми Ванюшев, Ванюшин, Ванюхин. Разница в суффиксе (-ушк- против -уш-, -юх-) отражает местные словообразовательные предпочтения: форма на -ушка характерна для северного наречия, где любили «растянутые» ласкательные варианты. Таким образом, по фамилии можно с осторожностью предположить, что предки жили на Русском Севере или в Вятском крае.

Если говорить о значении для конкретного человека, то Ванюшкова буквально означает «дочь (или жена) Ванюшка». Никакого тайного смысла или редкого занятия предков здесь нет: фамилия — прямое указание на имя отца или деда, которого в быту звали ласковым Ванюшка.