Фамилия Ваукаука — редкий случай, когда основа состоит из повторяющегося слога. Слово «Ваукаука» явно звукоподражательное или детское: в русских говорах «вау́кать» значит выть по-волчьи, издавать протяжный звук, похожий на вой. Человек, которого в деревне прозвали Ваука, мог подражать волку — либо в шутку, либо из-за глуховатого, тягучего голоса. Удвоение корня («вау» + «каука») встречается в прозвищах-дразнилках, где повтор усиливает звуковой эффект. Сравните с фамилиями Аука, Укаука — все они из той же группы «лесных» прозвищ, связанных с эхом и звериными криками.

По модели образования фамилия застыла в форме именительного падежа: не Ваукин и не Вауков, а Ваукаука — так могли записать прозвище целиком, без суффикса принадлежности. Такие «нулевые» фамилии характерны для украинской и белорусской традиции (сравните: Голова, Шевченко, Коваль), но в русском быту они редки и обычно указывают на позднюю фиксацию, когда писарь перенёс прозвище в документ без изменений.

Вероятнее всего, предок носителя фамилии жил в лесной или болотистой местности, где волчий вой был обычным фоном, — северо-западные регионы (Псковщина, Смоленщина) или Полесье. Там же прозвище Ваука могли дать пастуху, который перекликался с волками, отгоняя их от стада. Вторая, менее убедительная версия — фамилия образована от диалектного «ваукать» в значении «кричать, звать» (от междометия «ау»), но двойное «ка» в середине слова говорит в пользу именно звукоподражания волчьему вою.

Фамилия Ваукаука — штучная, её носители, скорее всего, сосредоточены в одном-двух сёлах. В дореволюционных метриках она не встречается, что подтверждает её позднее закрепление, возможно, уже в советское время, когда крестьянам выдавали паспорта и записывали прозвище как фамилию. Ономастические справочники эту фамилию не фиксируют, но по аналогии с однокоренными (Ваулин, Ваулов) можно уверенно говорить о её природном, «лесном» происхождении.