Фамилия Вавулкова образована от мужского имени Вавулко, которое, в свою очередь, является просторечной, украинской или белорусской формой крестильного имени Вавила. Это имя восходит к древнегреческому «Бабилон», что означает «Вавилон», то есть «город Бога». В святцах имя Вавила закрепилось за несколькими раннехристианскими мучениками, поэтому было распространено в православной среде, особенно среди духовенства и крестьян. Фамилия Вавулков, как и её женская форма Вавулкова, фиксируется в основном на юго-западе России, а также в Беларуси и на Украине — в тех регионах, где аканье и мягкое произношение «л» дали форму Вавулко.

Модель образования фамилии — классическая для восточнославянских земель: суффикс -ов (-ев) присоединяется к основе имени или прозвища, указывая на принадлежность: «сын Вавулка». Женская форма Вавулкова исторически означала «жена или дочь Вавулка», но в современном употреблении это просто вариант фамилии по женскому роду.

Интересно, что эта фамилия не имеет отношения к слову «вавилон» в бытовом значении (путаница, беспорядок) — это прямое производное от личного имени. Встречаются и однокоренные фамилии: Вавилов, Вавилин, Вавулин, но Вавулкова стоит особняком благодаря суффиксу -к-, который придаёт основе уменьшительно-ласкательный оттенок. Такая форма часто указывала на молодого или младшего в роду: Вавулко — это «маленький Вавила».

В архивных записях фамилия Вавулкова встречается в метрических книгах Курской и Харьковской губерний XIX века, что подтверждает её южнорусское происхождение. Носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами, хотя не исключено, что предок мог быть и священником — имя Вавила часто давали в семьях причетников.