Фамилия Вайникайнен — редкий для русского уха пример, где литовская основа встретилась с финским суффиксом. Разберём её по частям.

Корень фамилии — прозвище Вайника. Оно восходит к литовскому слову wainika, то есть «первый». Такое прозвище обычно давали первому, долгожданному ребёнку в семье. По другой версии, Вайникой могли назвать самого старшего в роду — главного работника и кормильца. Оба значения держатся на идее первенства: либо по рождению, либо по положению.

Дальше начинается самое интересное. Фамилия оформлена не литовским, а финским способом — через суффикс -лайнен/-ляйнен. В финской ономастике этот суффикс многозначен: он указывает на происхождение из местности («из Вайники»), на принадлежность к народности или просто на сходство с чем-то. Таким образом, Вайникайнен — это «человек из рода Вайники» или «похожий на Вайнику».

Финские фамилии с таким суффиксом часто сохраняют прямую связь с исходными словами. Сравните: Айникки — «единственная», Сиркка — «кузнечик», Тармо — «энергия, сила», Ульяс — «отважный». Вайникайнен стоит в том же ряду: его основа прозрачна и не стёрлась со временем.

Итак, фамилия Вайникайнен — гибридный случай. Корень литовский, а модель образования — финская. Носитель этой фамилии, скорее всего, потомок человека, которого в литовско-финском пограничье (или среди переселенцев) прозвали Первым или Старшим, а затем закрепили это прозвище в типично финской форме.