Фамилия Вайнюнская напрямую связана с географическим названием — деревней Вайнюны в Браславском районе Витебской области Беларуси. Такие фамилии, оканчивающиеся на -ский/-ская, в восточнославянской традиции чаще всего указывают на местность, откуда человек был родом или где владел землёй. Первым носителем фамилии мог быть помещик, которому принадлежала деревня Вайнюны, или крестьянин, переселившийся оттуда в другое место и получивший прозвище «Вайнюнский» — то есть выходец из Вайнюн.

Сама основа «Вайнюн-» — балтского происхождения, что типично для топонимов этого региона, исторически входившего в зону смешения славянских и литовских племён. Название деревни, скорее всего, образовано от личного имени или прозвища Вайнюс (лит. Vainius) с добавлением славянского суффикса принадлежности. Таким образом, фамилия Вайнюнская буквально означает «принадлежащая к Вайнюнам» или «родом из Вайнюн».

Форма Вайнюнская — это женский вариант фамилии. В русском и белорусском языках такие фамилии на -ский/-ская склоняются по падежам и чётко указывают на пол носителя. Мужской вариант, соответственно, — Вайнюнский. Фамилия редкая и узколокальная: её носители, вероятнее всего, до сих пор сосредоточены в Витебской области и соседних районах Беларуси либо в семьях, эмигрировавших оттуда в XX веке.