Фамилия Вайшкунас — литовского происхождения, и её разумнее всего рассматривать в контексте литовской антропонимии, а не славянской. Хотя белорусские деревни Вайшкуны действительно существуют, сама фамилия образована по типично литовской модели: основа Vaišk- + суффикс -ūnas. Суффикс -ūnas в литовском языке — один из самых распространённых патронимических показателей, указывающих на происхождение от отца или предка. Он соответствует русскому «-ов/-ев» или «-ин». То есть Вайшкунас буквально означает «сын Вайшкаса» или «потомок Вайшкаса». Родовое ударение в литовском языке падает на последний слог: Вайшкуна́с.

Сама основа Vaišk- восходит к литовскому личному имени Vaiškus или его краткой форме Vaiškas. Это имя, в свою очередь, связано с литовским словом vaišės — «угощение, пир», а также с глаголом vaišinti — «угощать, потчевать». Таким образом, исходное прозвище Вайшкас могло означать «гостеприимный человек», «хлебосол» или «тот, кто любит задавать пиры». Это вполне конкретное и понятное прозвище, которое давали человеку по его характеру или поведению.

Версия о происхождении от топонима Вайшкуны (белорусские и польские деревни) менее вероятна, хотя и не исключена. Если бы фамилия была образована от названия деревни, в литовском языке она, скорее всего, выглядела бы как Vaiškūnis или Vaiškūnas с другим суффиксом, указывающим на «выходца оттуда». Но в данном случае суффикс -ūnas прямо указывает на отчество. Кроме того, литовская фамилия Вайшкунас могла возникнуть независимо от этих деревень у литовцев, живших в Литве или на исторической территории Виленского края.

Что касается предания о Вайшском луге и боге Вайю — это народная этимология, не подтверждённая научными данными. Санскритский бог ветра Вайю и литовское vaišės — слова с разными корнями и значениями, их связь надумана. Вайшский луг, если такое название действительно существовало, скорее всего, получил имя от того же личного имени Вайшкас, а не наоборот.

Итак, основная и самая правдоподобная версия: фамилия Вайшкунас — литовская патронимическая фамилия, означающая «потомок Вайшкаса», где Вайшкас — прозвище гостеприимного человека. Предки носителя этой фамилии, вероятно, были литовцами, жившими на территории современной Литвы или в пограничных районах Беларуси.