Фамилия Вайшкунас образована от прозвища Вайшкун, которое, скорее всего, восходит к топониму Вайшкуны. Так называются деревни, одна из которых расположена на границе Поставского (Витебской область) и Мядельского районов (Минская область) в Белоруссии, а другая - в Виленской губернии в Польше. Вполне вероятно, что предок Вайшкунас родился или долгое время жил в одном из этих населенных пунктов. По преданию, само название деревни – Вайшкуны – происходит от Вайшского луга, старинного языческого капища, находившегося неподалеку от этого поселения в Белоруссии. А название Вайшский луг, в свою очередь, ведет свое начало от санскритского имени бога Вайю, управляющего ветрами.