Фамилия Вайткунас — яркий пример литовской антропонимической модели, которая почти не встречается у русских. Её основа — мужское личное имя Вайткус (Vaitkus), которое, в свою очередь, является уменьшительной формой от крестильного имени Вайт (Vaitas) — литовского варианта имени Матвей (Motiejus). Суффикс -ус (-us) в литовском языке типичен для имён и прозвищ. А вот окончание -ас (-as) в фамилии Вайткунас — это уже фамильный патронимический формант, указывающий на происхождение: «сын Вайткуса». То есть Вайткунас буквально значит «Вайткусович» или «потомок Вайткуса».

Подобная модель образования фамилий характерна для всей Литвы, особенно для её западной и центральной частей. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, литовские фамилии на -ас, -ис, -ус не меняют окончания по женскому роду: женщина с такой фамилией тоже будет Вайткунене (если замужем) или Вайткунайте (если незамужняя), но в русском контексте обычно используют единую форму Вайткунас для всех. В польском языке, под влиянием которого находилась часть Литвы, фамилия могла бы звучать как Войткун (Wojtkun) — с усечением литовского окончания.

Сам корень Вайт- восходит к тому же источнику, что и литовское слово vaitas — «староста», «войт» (выборное должностное лицо в сельской общине). Однако напрямую связывать фамилию с этой должностью не стоит: имя Вайтас было популярно как самостоятельное, и большинство Вайткунасов — потомки человека по имени Вайтас (или Вайткус), а не потомки старосты. Встречается и версия, что имя могло прийти из немецкого Waith, но для Литвы более органично объяснение через христианское имя Матвей.

Географически фамилия Вайткунас сосредоточена на территории исторической Литвы, особенно в Жемайтии и Аукштайтии. В России, Беларуси и Польше она редка и обычно указывает на литовские корни семьи. Среди известных носителей — литовский поэт и переводчик Витаутас Вайткунас, но в целом фамилия не является широко распространённой даже в самой Литве, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы Вайткунас, ваши предки почти наверняка жили в Литве и говорили по-литовски.