Фамилия Вайткун — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор сразу уводит нас за пределы привычных славянских моделей. Если подавляющее большинство русских фамилий образовано суффиксами -ов, -ев, -ин, то здесь мы видим финаль -ун, которая в восточнославянских языках характерна для прозвищ (крикун, молчун) или для фамилий украинского и белорусского происхождения. Однако корень «Вайт-» явно не славянский, а немецкий или прибалтийский.

Скорее всего, фамилия Вайткун — это русифицированная или полонизированная форма немецкой фамилии Weitkun или Weitkuhn. Немецкое «weit» означает «широкий», «дальний», а «Kuhn» — вариант имени Konrad (Конрад) или же диалектное слово, связанное с родом деятельности. В таком случае исходное прозвище могло означать «широкий Конрад» или «дальний родственник Куна». Другая версия, менее вероятная, отсылает к литовским корням: «vait» (вайт) — сокращение от «vaitas» (староста, войт), а «kun» — возможно, от «kūnas» (тело) или суффикса принадлежности. Тогда Вайткун — «войтов человек» или «из рода войта».

С географической точки зрения фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Российской империи: современные Литва, Латвия, Беларусь, а также Калининградская область (бывшая Восточная Пруссия). Носители Вайткун — это, вероятно, потомки немецких колонистов или онемеченных пруссов, которые в XVIII–XIX веках переселялись на восток, либо литовцев и поляков, чьи фамилии адаптировали под немецкое звучание. Встречаются варианты написания: Вайткунас, Вайткунене (женская форма в литовском), Вайткунский.

В русском контексте фамилия не получила суффиксальной обработки (не стала Вайткуновым), что говорит о её относительно позднем закреплении в документах — скорее всего, в XIX веке, когда фиксация фамилий шла по фактическому произношению, без приведения к стандарту. По сословной принадлежности предки могли быть мещанами или крестьянами немецких колоний, реже — однодворцами западных губерний. Дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» или «Общем гербовнике» не значится.

Таким образом, Вайткун — это фамилия-маркер миграционных процессов на стыке славянского, балтийского и германского миров. Её носитель с большой вероятностью имеет корни в среде остзейских немцев, литовцев или полонизированных пруссов, а сама фамилия изначально была прозвищем, описывающим человека по его происхождению, внешности или имени предка.