Фамилия Вайткова — женская форма, а мужская, Вайтков, встречается реже. В её основе лежит прозвище или, что вероятнее, имя Вайтко. Суффикс -к- в славянских языках часто образовывал уменьшительные формы имён: Вайтко — это Вайт (ср. Войт, Войтек) с тем же суффиксом, что и Митько от Дмитрий. Само имя Вайт — западноевропейского происхождения, чаще всего польского или словацкого, восходящее к немецкому Veit (Вейт, Вит). В русских землях такая фамилия — явный след миграции из Речи Посполитой или из западных регионов, где были сильны польские и литовские влияния.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов- (в женском роде -ова) указывает на принадлежность: «чей?» — Вайтков, то есть «сын (или потомок) Вайтка». Это типичная патронимическая фамилия, каких в России большинство, но с необычной основой. В отличие от фамилий на -ин, которые образуются от основ на -а/-я, -ов-/-ев- прикрепляется к основам на согласный или -о: Вайтко → Вайтков.

В географическом плане фамилия Вайтков/Вайткова тяготеет к западу России, Беларуси и Украине. Встречается она и в Польше (Wajtkow, Wójtkow), но там чаще пишется через «ój» или «aj». В русских переписях XVIII–XIX веков такие фамилии фиксировались в Смоленской, Могилёвской, Витебской губерниях — в зоне контакта с польско-литовским населением. Вайтко могло быть не только именем, но и прозвищем от слова «войт» (староста, судья) — в таком случае фамилия указывала на службу предка или его связь с должностью, но это менее вероятно, так как уменьшительная форма от «войт» — скорее Войтко, а не Вайтко.

Сравнение с однокоренными фамилиями: Войтков, Войткевич, Войтик. Вайткова стоит особняком из-за гласной «а» в корне, что может говорить о местном произношении (аканье) или о записи через польское «aj» (как в Wajda). В любом случае, носительница фамилии Вайткова может уверенно связывать свои корни с западнорусскими или польскими землями, а предок, скорее всего, был человеком по имени Вайтко — возможно, незнатным, но не крепостным, так как патронимические фамилии у крестьян закрепились поздно, в XIX веке.