Фамилия Войткова — женская форма, а её мужской вариант Войтков. В основе лежит прозвище или имя Войтко, которое образовано от слова «войт». Войтом в средневековой Польше, Литве, а также в западнорусских землях (на территории современной Беларуси и Украины) называли выборное должностное лицо: сельского старосту, главу общины, а в городах — судью или бургомистра. Должность была важной, и прозвище Войтко мог получить либо сам войт, либо его сын или слуга — так часто называли людей по положению отца или хозяина.

Обратите внимание на суффикс «-к-о»: он характерен для украинской и белорусской традиции образования уменьшительных форм (ср. Ивасько, Петрусько). Войтко — это не полное имя, а ласкательное или обиходное прозвище, которое закрепилось за человеком и позже превратилось в фамилию. Типичная модель: прозвище на -ко → фамилия на -ов (-ев). Так Войтко стал Войтковым, а его жена или дочь — Войтковой.

Географически фамилия чаще всего встречается на западе России, в Беларуси и на Украине, что совпадает с ареалом распространения самого института войтов. В польской ономастике есть фамилия Wojtkowicz, а в русской записи она адаптировалась как Войтков. Интересно, что в некоторых говорах слово «войт» могло означать не только должность, но и просто «начальник» или «распорядитель», так что прозвище могло закрепиться за человеком с властным характером.

С точки зрения словообразования, фамилия редкая в том смысле, что сохранила архаичный суффикс -к-о, который в русской традиции почти не встречается в чистом виде (обычно он переходил в -ка: Войтка, Войтков). Здесь же мы видим прямое заимствование из западнорусской модели. Поэтому носители фамилии Войткова с высокой вероятностью имеют предков из регионов, где польское или литовское влияние было сильным — например, из Смоленской, Брянской областей или бывших земель Великого княжества Литовского.