Фамилия Войтковский — яркий пример того, как польская топонимическая модель на -ский «приросла» к украинскому или белорусскому прозвищу, связанному с должностью. В основе лежит слово войт — заимствование из немецкого Voigt. В Польше после введения магдебургского права войтом называли городского чиновника, главу общины. В Малороссии, после отделения от Речи Посполитой, войт остался членом городского магистрата или выборным лицом крестьянской общины, входил в «сельскую старшину». В западных губерниях Российской империи войтом именовали сельского старосту. Таким образом, прозвище Войт — классическое «профессиональное» именование по должности.

Суффикс -овск- в фамилии Войтковский указывает на принадлежность, буквально: «относящийся к Войтку». Войтко — это уменьшительная или производная форма от Войт. Следовательно, Войтковский — это либо потомок человека по прозвищу Войтко, либо, что вероятнее, выходец из населённого пункта, названного по имени или прозвищу основателя (например, Войтковичи или Войтков). Такие фамилии на -ский в Польше и на западнорусских землях были престижны: они подражали дворянским топонимическим фамилиям, которые образовывались от названий родовых имений.

Чтобы понять, почему фамилия Войтковский звучит по-польски, а не по-великорусски, стоит вспомнить историю землевладения. В Московской Руси наследственных вотчин было мало, поместья давались за службу и не закреплялись за родом, поэтому фамилии на -ский там были редкостью и в основном княжескими. В Польше и Литве, напротив, имения передавались по наследству, и топонимическая фамилия на -ski стала знаком принадлежности к шляхте. Позже этот суффикс переняли и недворянские слои, особенно на украинских и белорусских землях, находившихся под польским влиянием. Поэтому Войтковский — фамилия, скорее всего, польского, белорусского или украинского происхождения, с ударением на предпоследнем слоге, что и выдаёт её нерусское происхождение.