Фамилия Войтковы образована от прозвища Войтко. В его основе лежит слово «войт», которое пришло в славянские языки из немецкого через польское посредство. В Польше, на Украине, в Белоруссии и в западных областях России войтом называли выборного сельского старосту, городского судью или чиновника местной администрации. Так что прозвище Войтко — прямое указание на должность предка, а не на его личное качество.

Фамилия построена по самой типичной восточнославянской модели: к основе Войтко прибавили суффикс принадлежности -ов. Вопрос «чей сын?» давал ответ: «Войтков» — то есть сын Войтка. Со временем эта форма закрепилась как фамильная. Множественное число «Войтковы» указывает на целый род, на всех членов семьи.

Интересно, что на западе и юге России, где слово «войт» было в ходу, фамилия могла появиться раньше, чем в центральных и северных губерниях. В то же время на севере и востоке её могли принести переселенцы или она возникла как вторичная, от фамилии Войт, Войтов — путём добавления уменьшительного суффикса -к-.

В написании «Войтковы» слышен твёрдый звук [т], что характерно для севернорусского и сибирского произношения. В южных говорах та же фамилия могла бы звучать как «Войтко́вы» с ударением на последнем слоге. Варианты с «е» — Войткевич, Войткевич — встречаются в польской и белорусской традиции, где суффикс -евич указывает на отчество.

Точную дату возникновения фамилии Войтковы назвать нельзя: процесс шёл несколько веков, с XVI по XIX. Но ясно, что предки носителей этой фамилии были людьми, облечёнными властью на местном уровне, — старостами или судьями в сельской общине.