Фамилия Войтковские — вариант фамилии Войтковский, и её происхождение напрямую связано с должностью войта. Слово «войт» пришло из немецкого (Voigt) и в Польше, а затем и в западнорусских землях обозначало выборного главу: городского чиновника при магдебургском праве, сельского старосту или члена магистрата в Малороссии. Прозвище Войт давали человеку, который занимал эту должность, — так указание на род деятельности закрепилось в основе фамилии.

Форма на -ский вносит свой смысл. В Польше фамилии с суффиксом -ski (в русской передаче -ский) изначально были топонимическими: их получали дворяне по названию родового поместья. Такая модель была престижной, и со временем её переняли не только шляхта, но и горожане, и крестьяне. Поэтому Войтковский — это, скорее всего, не «сын войта» (как было бы с суффиксом -ович), а «происходящий от войта» или даже «живущий в месте, где был войт». Суффикс -ский прикрепляли к основе, чтобы подчеркнуть принадлежность к определённому лицу или месту.

В русской среде фамилии на -ский встречались реже, чем в польской, и часто указывали на княжеское или боярское происхождение (по названию удела). Но Войтковский — случай иной. Судя по распространённости такой модели в Польше, Беларуси и на Украине, фамилия сложилась именно в тех краях, где магдебургское право и институт войта были в ходу. Переселенцы могли принести её в центральную Россию, где она и закрепилась в форме Войтковские — через типичное для русских фамилий окончание множественного числа, обозначающее род в целом.

Точную дату появления фамилии назвать сложно. Массово польские и украинские фамилии на -ский оформлялись в XVI–XVII веках, когда поместья стали передаваться по наследству, а вместе с ними — и родовые прозвания. Ударение в фамилии Войтковский падает на предпоследний слог — это тоже выдает её западнославянское происхождение, в отличие от исконно русских фамилий на -ский, где ударение могло падать на корень.

Таким образом, предки носителей фамилии Войтковские были либо людьми, занимавшими должность войта, либо жителями населённого пункта, названного по войту. Фамилия — не дворянская по происхождению, но благодаря престижному суффиксу могла принадлежать и шляхтичу, и мещанину.