Фамилия Войткун образована от прозвища, в основе которого лежит заимствованное из немецкого языка слово «войт». В польских, украинских и белорусских землях так называли выборного сельского старосту или городского судью. Однако не исключено, что прозвище носило иронический оттенок: его могли дать человеку вздорному, тщеславному или чрезмерно властолюбивому, чтобы подчеркнуть его дурные привычки и недостатки.

Словообразовательная модель фамилии указывает на её западное происхождение. Суффикс -ун в восточнославянских фамилиях встречается редко — чаще он характерен для польской и белорусской традиции. Он придаёт основе оттенок действия или свойства: Войткун буквально означает «тот, кто связан с войтом» или «похожий на войта». Такая модель типична для прозвищ, которые закреплялись за человеком по его поведению или положению.

Географически фамилия Войткун тяготеет к западнорусским и белорусским областям, где институт войта был широко распространён. Встречается она и у потомков переселенцев из этих земель. В отличие от фамилий на -ов/-ев или -ин, эта форма не указывает на прямое родство с отцом, а скорее фиксирует прозвище, данное самому носителю.

Спорных версий происхождения здесь немного: корень «войт» прозрачен, а суффикс -ун однозначно указывает на прозвищную основу. Наиболее правдоподобно, что фамилия возникла как ироническое или описательное прозвище, а не как указание на реальную должность предка — слишком редка такая модель для прямого обозначения профессии.