Фамилия Ваитекунас — яркий пример того, как имя, пройдя через языки и диалекты, закрепилось в литовской модели фамилий. Её основа — имя Ваитек, которое лингвисты считают диалектным вариантом чешско-польского имени Войтех. Исходное значение этого имени — «тот, кто приносит утешение и силу войску», что указывает на древнюю славянскую традицию давать «княжеские» имена-обереги.

Самый известный носитель этого имени — святой Войтех (Адальберт Пражский), второй по значимости святой Чешских земель после святого Вацлава. Его культ широко распространён не только в Чехии, но и в Польше, Венгрии, а через них — и в соседней Литве. Именно через польское влияние имя Войтех (в народном произношении — Войтек, или Ваитек) могло попасть в литовскую среду.

Фамилия образована по типичной литовской модели: к основе Ваитек- добавился суффикс -унас. В литовской антропонимике суффиксы -унас, -онас, -енас обычно указывают на происхождение от кого-то или принадлежность: Ваитекунас буквально означает «сын Ваитека» или «потомок Ваитека». Это стандартный патронимический формант, который в Литве часто заменял славянские окончания -ов/-ев.

Географически фамилия Ваитекунас почти наверняка привязана к восточной или южной Литве — регионам, где веками пересекались литовское, польское и белорусское население. Именно в таких зонах языкового контакта славянские имена нередко получали литовское грамматическое оформление.

Особенность этой фамилии — её редкость. Если сравнивать с однокоренными, то фамилии Войтехович или Войтекунас встречаются чаще, а форма с начальным «Ва-» выдает именно народное, диалектное произношение. Таким образом, предки носителя фамилии Ваитекунас — скорее всего, литовцы или полонизированные литовцы, взявшие в основу фамилии популярное католическое имя в его обиходной форме.